在食用菌无尘无菌车间生产中，培养室和出菇房都需要根据蘑菇的生长需要进行通风换气，进入室外新鲜的空气，排出蘑菇生长产生的二氧化碳。
进入菇房的空气温度和湿度，会对菇房的温度和湿度产生很大的影响，室内外的差距越大，通风就更容易造成房间的环境不稳定。
在南方，夏季室外空气相对湿度较大，通风会导致菇房湿度上升，加上大多数食用菌生长温度都低于外界温度很多，高温、高湿的室外空气进入菇房会产生冷凝现象，墙壁、库板表面出现的冷凝水会滋生细菌和霉菌。
如果这种情况出现在接种室、培养室等前段环节，就容易导致污染率上升。如果出现在出菇房，会导致蘑菇干度下降，影响货架期，甚至严重的病害。
南方食用菌无菌厂房在夏季，净化车间应该减少外循环新风的风量，或者全部处于内循环状态，最大限度的避免室外高温、高湿空气的进入。培养房和出菇房在设计方案时就应该考虑到新风降温、降湿的问题，如果采用集中送风比较容易解决，在新风机加装表冷器，表冷器通入低温的载冷剂。
在北方，夏季高温对通风的影响只在夏季温度最高的一段时间出现，而且影响远没有南方大。
在北方，通风对食用菌生产的影响是在冬季，室外空气的特征是低温和干燥，低温和干燥的空气对冷却室、接种室没有明显的影响。对培养室和出菇房影响很大，主要表现在两点，一是低温的空气进入会造成培养室部分区域因新风而降低温度，进而导致发菌和出菇的不一致性。二是低湿干燥的空气会瞬间将菇房相对湿度将至不可接受的程度。
对于新风温度低，最好的解决办法是进行新风预热，同样，集中送风比较容易解决，在新风机内部加装预热装置，如果条件允许，新风温度进行自动控制。
在北方，冬季新风温度低可以通过预热的方式解决，但是新风湿度小就没有办法通过预湿的方法解决了，主要是湿度大小不容易控制，通风管道加湿后容易滋生细菌等无法解决。
因此，北方食用菌生产在冬季应该特别注意新风湿度小对环境产生的影响，提前检修加湿设备，配备足够的加湿量，有条件必须采用超声波加湿器。
在换风前，菇房的湿度要为换风留出适当的余量，抵抗新风干燥对菇房环境的冲击，采用少通风、勤通风的原则。
冬季北方菇房的排风口容易出现冷风倒灌的现象，会导致菇房内部排风口附近温度长时间偏低，一般会在排风口安装止回装置，但是作用不大，只是减少影响。
