食用菌的需求量日益增加，新品种的研发也越来越多，本文主要介绍食用菌工厂化栽培生产车间必须要配置的相关功能间，以及个功能间的主要用途，及洁净度的要求。
1、主辅料库房raw material storage：主要用于生产所需要的主要材料及辅助材料的场所，对温度及湿度有相关的要求，对洁净度没有要求。
2、拌料装料车间mixing and filling plant：用于对主要材料及辅助材料调配比例的场所，同时也是对配料后的材料进行加水、装瓶/装袋成培养基的场所，需要具备通风条件。
3、灭菌车间sterilization plant：利用灭菌设备对完成装瓶/袋的培养基进行灭菌的场所。
4、净化冷却接种室cooling and inoculation in clean room：在相对无菌的环境中，对灭菌冷却后的培养基用以培育成熟的菌种进行接种操作的场所。
5、菌丝培养室 incubation room：将接种后的培养基培养至其菌丝充满整个菌瓶/袋的场所。
6、发酵隧道composting tunnel：草腐菌工厂化栽培中原材料经浸泡后进行发酵的建筑物。
7、出菇室 fruiting room：将菌丝体培养至子实体适合采收的场所。
8、包装车间packing plant：将子实体进行采摘、切根、分类并包装的场所。
9、菌渣处理车间spent substrate processing plant：将菌瓶/袋、菌渣进行分离的场所。
10、预处理场所pretreatmen room：食用菌工厂化栽培中对主辅料调配和预湿的场所。
11、覆土车间 covering workshop：食用菌进行覆土栽培的场所。
