一般空调侧重温度、湿度、新鲜空气量和噪声的控制，而净化空调则侧重控制室内空气的含尘量、风速、换气次数。在温、湿度有要求的房间，温、湿度也是主要控制参数。对生物洁净室而言，菌含量是主要的控制参数之一。
一般空调有的只有粗效一级过滤，要求较高的是粗效中效两级过滤处理。而净化空调则要求三级过滤，即粗、中、高效三级过滤，或粗、中、亚高效三级过滤，生物洁净室除送风系统有三级过滤外，为了消除动物的特殊臭味及避免对环境的污染，在排风系统依据不同情况尚设二级高效过滤或滤毒吸附过滤。
一般空调对室内的压力要求不严。而净化空调为了避免外界污染空气的渗入或不同生产车间不同物质的相互影响，对不同洁净区的正压值均有不同的要求。在负压洁净室内尚有负压度的控制要求。
为了避免被外界污染，净化空调系统材料和设备的选择、加工工艺、加工安装环境、设备部件储存环境等，均有特殊的要求。这区别于一般空调系统。
一般空调系统，对系统的气密性、渗气量虽有要求，但洁净空调系统的要求要比一般空调系统高得多，其检测手段、各工序的标准均有严格措施及测试要求。
一般空调房间，对建筑布局、热工等有要求，但对选材及气密性要求不是很严格。而净化空调对建筑质量的评价除一般建筑的外观等要求外，则侧重于防尘、防起尘、防渗漏。在施工工序安排及搭接上要求很严格，以避免产生裂缝造成渗漏。它对其他工种的配合、要求也很严格，主要均集中在防止渗漏，避免外部污染空气渗入洁净室及防止积尘对洁净室的污染。
