在负压生物工程净化车间内发生微生物污染事故时，应采取以下紧急措施：
一、立即报告与隔离
1.立即报告：车间员工一旦发现微生物污染事故，应立即向车间负责人或应急指挥部报告，说明事故发生的时间、地点、污染范围及初步判断的原因。
2.隔离污染区域：应急指挥部接到报告后，应立即启动应急预案，组织相关人员对污染区域进行隔离，防止污染扩散。
二、人员疏散与防护
1.疏散人员：现场救援组应迅速到达事故现场，组织无关人员有序疏散至安全区域，避免人员受到进一步污染。
2.个人防护：进入污染区域的人员必须穿戴合适的防护装备，如防尘服、防静电设施、呼吸防护装备等，以防止微生物通过呼吸道、皮肤等途径侵入人体。
三、污染控制与消除
1.停止生产：事故发生后，应立即停止相关生产线的运行，切断污染源。
2.消毒处理：使用有效的消毒剂对污染区域进行彻底消毒，包括地面、墙壁、设备、工具等，确保杀灭微生物。
3.清理废弃物：将受污染的废弃物进行分类收集，并按照相关规定进行无害化处理。
四、事故调查与整改
1.事故调查：应急指挥部应组织相关人员对事故原因进行深入调查，查明污染源头和传播途径，为后续的整改措施提供科学依据。
2.整改措施：根据事故调查结果，制定针对性的整改措施，如加强车间清洁消毒工作、优化空气净化系统、提高员工防护意识等，防止类似事故再次发生。
五、信息发布与沟通
1.信息发布：信息联络组应及时收集、汇总事故信息，并通过媒体、网络等渠道向社会公众发布事故情况，确保信息透明公开。
2.沟通协调：与相关部门和利益相关者保持密切沟通，共同应对事故，减少负面影响。
六、物资与人员保障
1.物资保障：应急指挥部应提前储备足够的应急物资，如消毒剂、防护装备等，确保在事故发生时能够迅速投入使用。
2.人员保障：加强应急队伍建设，定期组织应急演练，提高员工的应急处置能力和自救互救能力。
综上所述，在负压生物工程净化车间内发生微生物污染事故时，应迅速采取一系列紧急措施，包括立即报告与隔离、人员疏散与防护、污染控制与消除、事故调查与整改、信息发布与沟通以及物资与人员保障等，以最大限度地减少事故造成的损失和影响。
